所謂二次回風系統，其主要特點是回至空氣處理設備的室內回風只有部分與新風混合，這部分回風稱為一次回風，新回風經表面式換熱器或噴淋室進行冷卻干燥或加熱處理后，再與未經冷熱處理的剩余回風進行二次混合。對于藥廠或其他行業的多數潔凈室來說，由于滿足房間熱、濕負荷所需通風量，經常是遠小于滿足房間潔凈度所需的通風量，所以只需部分回風與新風混合后進入空調設備進行熱濕處理，剩余回風則僅需進行過濾，使之凈化后再循環回房間以滿足潔凈級別所需通風量。所以二次回風系統是藥廠或其他用途潔凈室zui常用的空調系統型式。
空調機組與循環風機并聯有式“3空調機組與循環風機并聯方式”在凈化系統中使用較少。原因之一是空調機組自備風機在克服機組內阻及過濾器阻力之后的剩余壓頭是個變量。并聯的二次回風循環風機通路上的阻力也要相應調整，否則一、二次回風比將發生變化，相應影響到空調機組的進風量，從而影響潔凈室的溫、濕度。
并聯方式的另一個條件是空調機組自備風機要有足夠的風壓。層流手術室凈化空調系統不同于常規空調系統的特點之一，是其氣流通路上配置有粗、中、高多級過濾器，所以阻力更大。如果單靠機組自備風機的風壓克服其氣流環路的阻力，往往風機轉速偏大、噪聲偏高。這也是限制并聯方式使用的一個原因、雙風機或多臺風機并統如前所述，因潔凈空調系統中從潔凈室的回風絕大部分只需經過濾就可再循環使用，而無需回至空調機組進行熱、濕處理。

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