潔凈室作為一個“受控環境”，具有不同于其它建筑工程的特點，盡管任何建筑工程都包括設計、竣工驗收、日常維修等環節，而對于“受控環境”而言，特別是對潔凈室，其設計與建筑固然同樣重要，但從某個角度來看，它只是提供了基本的“硬件”。“硬件”的性能是否適用，則需要通過調試、檢測和綜合評價予以確認。還要建立一整套運行機制等“軟件”，來保障其“受控”狀態的持續。
潔凈室的核心技術應包括：潔凈室的設計與建造；潔凈室的檢測與監測；潔凈室的運行與維護。這三部分有機的組合成一體，構成了完整的相互關聯的潔凈室技術，其架構與關聯見下圖：

1、潔凈室設計與建造包括：
①設計規范、標準
②工藝流程、平面布局
③建筑構造與材料
④冷、熱源及動力
⑤空調凈化系統
2、潔凈室檢測與監測包括：
①潔凈室調試與運行。
②潔凈室交竣檢測。
③潔凈室綜合性能評價。
④確保潔凈室處于潔凈受控。
⑤狀態的檢測。
3、潔凈室運行與維護包括：
①人員、設備與材料的進入。
②防止污染的規章制度。
③潔凈服與用品管理。
④潔凈室的清掃
可以看出，一個潔凈室的建成和持續工作首先是根據建設方從生產、科研對潔凈室（區）的需要出發，按照現行的國標、國內規范的約束與建議、科學的進行潔凈室工程的設計。其主要內容有：
1、合理布置工藝流程和建筑平面。
2、選擇滿足潔凈室特點的建筑構造與材料。
3、依據當時當地的能源供應背景，選定可靠和經濟的動力及冷、熱源。
4、劃分和布置空調凈化及排風系統。
5、選擇相應的空調凈化通風設備。
無論是新建還是改造潔凈室，都應依照相關標準、規范，按有關潔凈室施工驗收的要求，這是潔凈室的基礎與硬件的實施階段。當施工結束后，面臨的問題是建設方、承包商、工程監理單位、設計單位如何共同檢驗并認定潔凈室的設計、施工質量是否符合建設方的要求。為此，按照慣例要對潔凈室進行“工程驗收”。工程驗收一般分兩個階段進行，竣工驗收和綜合性能評價。
此外，對于一個正常使用中的潔凈室，為確保其始終處于設計所要求的“受控狀態”，就必須進行定期或連續的監測，以考核潔凈室的相關技術參數，判定其是否符合規定的狀態。與其相關的一整套運行管理體系，則是保障受控環境持續正常運營的“軟件”。