室內排水系統的任務是將自洗滌與衛生器具和生產設備排除的污水以及降落在屋面上的雨水、雪水迅速排到室外排水管道中去，同時藥品生產的潔凈要求需防止室外排水管道中的有害氣體、臭氣、有害蟲燈進入室內，產生微生物污染，并為室外污水的處理和綜合利用提供便利條件，因此潔凈區域的排水系統也極其重要的。
醫藥工業所產生的污水有三類：
（1）生活污水包括衛生潔具、洗手設施、淋浴設施等排出的污水；
（2）生產廢水是生產過程中所產生的污水和廢水，包括設備及容器洗滌用水、冷卻用水等；
（3）雨水包括屋面的雨水及融化的雪水。
室內排水體制一般采用分流制，生活污水、排水設計規范（TJ13-74）外，還必須遵守GMP的有關規定。采取的措施主要有：
（1）100級的潔凈室內不宜設置水斗和地漏，10000級的潔凈室應避免安裝水斗和地漏，在其它級別的潔凈室中應把水斗及地漏的數量減速少到zui低程度；
（2）潔凈室內與下水管道連接的設備、清潔器具和排水設備的排出口以下部位必須設存水彎或水封裝置；
（3）設在潔凈室的地漏，要求材質不易腐蝕（內表面光潔，例如不銹鋼材料），不易結垢，有密封蓋，開啟方便，能防止廢水廢氣倒灌，允許沖洗地面時臨時開蓋，不用時則將蓋蓋死，必要時還應根據產品工藝要求，灌以消毒劑消毒滅菌，從而可以較好地防止污染（現在國內已開發了這種醫藥工業的新型潔凈地漏）；
（4）質監部門及生產上產生的酸堿廢水亦應設置管道，并采用PVC（塑料管或ABS工程塑料管，引至酸堿處理裝置。
總之，潔凈區域應盡量避免安裝水斗和下水道，而無菌操作區應避免。如需安裝的則設計時應考慮其位置便于維護、清洗，使微生物污染降低到zui小程度。